【例会】临床信息提取应用

主持人:刘硕

参会老师:安宁、杨矫云、阙夏

参会学生:赵春阳、李雨龙、程坤、丁会通、郭思伊、肖勇博、殷越、哈山、

时间:2019年9月11日

本次例会学习讨论了文章:Clinical information extraction applications: A literature review

一、背景

随着电子健康记录(EHRs)的迅速采用,我们希望从EHRs中获取信息和知识,以支持护理的自动化系统,并使临床和转化研究能够再次使用EHRs。促进EHR数据二次使用的一个关键组件是信息提取(information extraction, IE)任务,它自动地从文本中提取和编码临床信息。

二、目的

在文章中,本文综述近年来临床信息提取(IE)应用的研究进展。

三、方法

基 于Ovid MEDLINE In-Process & Other Non-Indexed Citations, Ovid MEDLINE, Ovid EMBASE, Scopus, Web of Science, and ACM Digital Library,对2009年1月至2016年9月发表的文章进行文献检索。结果:共鉴定了1917份出版物的标题和摘要。在这些出版物中,263篇文章被挑选出来并在这篇综述中讨论了出版地点和数据来源,临床信息提取工具,方法,以及在疾病和药物相关研究领域的应用,以及临床工作流程优化。

四、结论

临床IE应用范围广泛,但EHR数据的临床研究与IE的临床研究存在较大差距。这项研究使我们对这一差距有了更具体的了解,并为弥合这一差距提供了可能的解决方案。

五、展望

本文综述了近8年来临床信息提取应用文献。这篇综述有一些局限性。首先,本研究未添加2016年9月7日后发表的相关文章。第二,研究仅限于用英语写的文章。用其他语言写的文章也会提供有价值的信息而没有计入其中。第三,在审查中选择的搜索字符串和数据库可能不够,并且可能在审查中引入了误差。第四,本综述未考虑利用非ehr系统的临床描述,如临床试验。最后,关于发布新的IE工具的27篇文章和125篇方法论文章没有包含在这篇文献综述中,这将是未来工作的重点。

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