【学术报告】Causal inference methods and applications in Bioinformatics学术报告

2018年11月29日,南澳大利亚大学信息技术与数学科学学院的Thuc Le博士来我校进行学术交流报告。报告题目为Causal inference methods and applications in Bioinformatics。报告中主要讲述了因果推理方法及其在生物信息学中的应用。

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Thuc Le博士是南澳大利亚大学信息技术与数学科学学院的高级讲师。 他的研究兴趣包括因果发现方法及其在生物信息学中的应用。 他还是国家健康与医学研究委员会(NHMRC)早期职业研究员(2017-2020)。 他曾担任PLOS ONE的学术编辑,并担任许多数据挖掘和生物信息学期刊顶级会议的审稿人。

Thuc Le博士 主要讲了因果推理方法及其在生物信息学中的应用,特别是在基因调控网络和癌症亚型研究中的应用(inferring microRNA causal effects in cancer即推断microRNA在癌症中的因果效应,Cancer Subtyping and Pedicting treatment response 即癌症分型和预测治疗反应)。首先介绍了研究背景, 癌症是一种十分危险的疾病,在2012-2018年期每年因为癌症死亡的人数从820万增加到1000万, 但是患有癌症的生存率也提高了。另外生物信息学研究和Computer Science ,Mathematics,Statistics,Biology均有联系。很多患有癌症的病人并不是因为一开始得的癌症而死亡,而是死于癌细泡扩散之后导致的其他类型的癌症 。Thuc Le博士接着介绍了microRNA 可以控制癌症基因,需要知道什么是microRNA的目标基因以及可以阻止扩散的microRNA有哪些。存在各种各样的1000种miRNA以及20000种基因的数据,所以需要识别miRNA的目标基因。使用因果贝叶斯网络构建基因调控网络,包括microRNA和基因,使用因果推断技术(do-calculus)来估计每个micRNA对每个基因的因果效应,因果效应值将用于识别microRNA目标基因。根据特定治疗手段的相似反映和生存率对病人进行分组,即subType。

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