[例会报告]Identifying the landscape of Alzheimer’s disease researchwith network and content analysis

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《Identifying the landscape of Alzheimer’s disease research with network and content analysis》

发表时间、期刊

ArticleinScientometrics 102(1) · January 2015

作者

  • 1st Min Song   Yonsei University, Sŏul, Seoul, South Korea
     
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    摘要
    阿尔茨海默病(AD)是退行性脑病之一,其原因是难以准确诊断。
    随着AD患者数量的增加,研究人员为了治疗疾病做了大量的工作,如医学实验和文献分析。在文献分析领域,几个传统研究从宏观层面分析了文献的作者,期刊和机构等,找出影响力较大的。然而,在宏观层面和微观层面的文献分析可以更好认识AD研究领域。
    因此,在本研究中我们采用更全面方法来分析AD文献,其中包括生产率分析(年,期刊/会议,作者和医疗主题词条目),网络分析(共现频率,中心性和分区)和内容分析。为此,我们收集从PubMed检索的96,081篇文章。我们专门执行基于概念图的网络分析,在映射AD文献中的UMLS概念之间的语义关系之后应用五个中心度量度。 我们还使用Dirichlet多项回归主题建模技术分析基于时间序列的主题趋势。
    结果表明,2013年是最有生产力的年份,阿尔茨海默病学杂志是最有生产力的期刊。在发现核心生物实体及其关系居住在AD相关的PubMed文献中与糖原贮积病的关系最常被提及。在此外,我们分析了16个主要的AD文献,发现显着增加趋势转基因小鼠的主题。
     
    论文框架
    本文的其余部分按以下顺序组织:
    “相关工作”部分展示有关文件表示和文献计量学的工作;
    “拟议方法”部分介绍本研究中使用的研究方法,主要包括概念图和DMR主题建模技术
    “结果与讨论”部分分析实验结果; 论文发文量分析,网络分析,内容分析
    “结论”部分总结了结果,并为未来研究提供了启示。
     
    结果:
    一。论文发文量分析
    发文量分析从四个角度(年,期刊,作者和MeSH术语)进行,以更好地了解AD研究领域中文献的生产力。
    1)每十年发表的论文数量,以及近年来每年发表的论文数量,
    2)每个期刊发表的论文数量(找出前十名)
    3)每个作者发表的论文数量(找出前十名)
    4)找出排名前二十的MeSH术语(即关键词)
    二:网络分析
    利用ULMS画概念图,最终的全局概念图用以下三种方法检验:
    1)同现频率分析(要了解什么是主要的生物实体及其在AD研究的关系)
    2)中心性分析(为了识别AD研究文献中的核心生物实体,通过五个著名的中心度度量来分析十大中心节点:
    度中心度 Degree centrality
    加权度中心度   weighted degree centrality
    接近中心度closeness centrality
    中介中心度  Betweenness Centrality
    PageRank)
    3)社区检测(利用modularity algorithm算法)
    三。内容分析
    基于DMR的主题建模识别在AD研究领域的96,081篇文章的16个主题和每个主题内的8个关键字。并审查了2000年至2013年期间的主题分布随着时间推移发生的变化
     
    并展示了我们小组目前的工作进展。
    小组工作是对AD的论文做分析。
    步骤如下
    1获取数据
    NCBI   PMC   alzheimer’s disease  12万  biopython  Entrez  mongodb 爬虫 
    2分析统计     
    python mysql pmc_id 题目 期刊 发表时间 作者 作者信息 引文
    做整体的研究趋势分析。
    1)分析每年论文统计信息     
    2)分析每个国家论文数量的随时间的相对变化趋势      
    3)顶级期刊的论文被引用数量随时间的变化趋势    尚未完成
    4)关键词随时间的相对变化趋势    
    5)中国研究的关键词随时间变化趋势,进而讨论下中国和国际的发展区别
    3可视化
    Echarts
     
     
    参会人员
    教师:安宁,杨矫云
    学生:刘超,陶永森,王永进,张永,胡庭进,程光洋,贵芳,金柳颀
    姚小慧,严金戈,陈绪,王雨婷
    腾越,景波,唐晨,江思源,刘杰,段优、殷越
    张昊天,张永钦
     
     
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