ICDM——RNA-seq quantification:Challenges and Opportunities

RNA-seq量化在基因表达研究中被证明为有效的可替换微阵列技术的方法。目前大多数RNA-seq量化分析工具均需将RNA片段联配到一个基因组或一个转录组。这是一个非常耗时的过程。

本文提出了一种不需要联配的RNA-seq量化分析方法。首先,作者基于序列相似性将转录组划分为不相交的转录聚类。然后在每个子集中搜索k-mers(k-mer指的是一个长度为k的子串),接下来,在这些k-mers中寻找sig-mers,即在每一个聚类中单独出现的k-mer。通过每一个聚类中的sig-mer足以评估出转录冗余度。这样,就可以在每一个单独的聚类中进行转录量化分析,且变得容易并行化。

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